Des châssis étaient déposés sur le marbre, un pour chaque page, et le prote disposait les lignes de plomb selon la maquette qui lui avait été donnée par le secrétaire de rédaction. La page ainsi réalisée était encrée et une épreuve était faite pour les dernières corrections dont les premières avaient été faites sur les plombs disposés en colonnes.
Les châssis étaient ensuite placés sous la rotative pour l'impression. Marc-Aurèle poursuivit l'impression du Courrier d'Egypte jusqu'au mois d'octobre 1798. Mais tout le monde se plaignait de la mauvaise impression et des nombreuses fautes d'orthographe, si bien que Bonaparte lui aurait dit: "Si votre journal n'encourage personne à sa lecture, écrivez-le au moins correctement".
Quand au mois de septembre 1798, l'imprimerie d'Alexandrie vint s'établir au Caire avec Marcel comme directeur, Bonaparte lui confia l'impression du Courrier d'Egypte et, à partir du 1er octobre 1798, celle de la Décade Egyptienne qui commença à paraître à partir de cette date. Cette imprimerie de Marcel appelée Nationale s'établit tout d'abord dans le quartier de l'Ezbékieh, puis se transporta à Guiza pour aller rejoindre ensuite la Citadelle où elle resta jusqu'au 31 mars 1801. Cette imprimerie fut embarquée vers la France au moment du départ des Français le 14 septembre 1801.
Quant à la petite imprimerie de Marc-Aurèle, qui avait été vendue à l'armée française, elle fut abandonnée au Caire.
Grâce aux caractères en arabe de l'Imprimerie nationale, Bonaparte s'adressait aux masses par des affiches et transmettait encore ses instructions aux ulémas et aux notables par l'entremise de circulaires et de tracts imprimés. Les presses arabes servaient encore à imprimer des opuscules comme "Les extraits du Coran", "Les fables de Loqman", "L'avis sur la petite vérole", etc...
Les caractères grecs, qui eux aussi avaient été rapportés du Vatican, servirent à imprimer des déclarations destinées aux Grecs d'Egypte et sortaient des presses de Marcel.